巫三祝(？--一六四一)，龍川人。明熹宗天啟七年（一六二七）貢生，明思宗崇禎元年（一六二八）進士，官至戶部員外郎。崇禎十四年（一六四一）清兵進逼龍川，聚眾抗清，失敗而死。清道光《廣東通志》卷二九一有傳。

巫三祝（？—17世紀），字疑始，廣東惠州府龍川縣人，明朝、南明政治人物。巫三祝是新喻知縣巫子肖之子，天啟七年（1627年）由恩貢中舉人，崇禎元年（1628年）聯(lián)捷進士，授四川富順知縣，平定流寇有功，獲賜金鼎；主持鄉(xiāng)試取得多位名士，入朝上疏當地三大弊政得崇禎帝嘉獎。之后他調任福寧知州，在任六年得到士民愛戴立祠，升為戶部浙江司主事、員外郎，至永歷時再升為郎中；其后辭官供養(yǎng)父母，在霍山建筑彩云書院，有《蘧園集》、《霍山志》等著作，卒年八十歲。